ในยุคแรกของโปรตอน โปรตอนได้ผลิตรถยนต์โดยอาศัยเทคโนโลยีและชิ้นส่วนของมิตซูบิชิ มอเตอร์ส โมเดลรถรุ่นแรกก็ได้ถือกำเนิดขึ้นเมื่อเดือนกันยายนปี พ.ศ. 2528 ภายใต้ชื่อ โปรตอน ซากา (Proton Saga) โดยประกอบในเมืองชาห์อาลาม รัฐเซอลาโงร์ แรกเริ่มก็ใช้ชิ้นส่วนต่างๆ ของมิตซูบิชิทั้งสิ้น ร่วมกับมิตซูบิชิ แลนเซอร์ (ซึ่งเป็นรุ่นที่คนไทยเรียกว่า Lancer Champ) ต่อมาก็ค่อยๆถ่ายทอดความรู้และเทคโนโลยีมาเป็นของโปรตอนเอง โปรตอนซากาผลิตครบคันที่ 1 แสนในเดือนมกราคม พ.ศ. 2532

ช่วงปลายทศวรรษที่ 1990 โปรตอนก็ได้เปลี่ยนโลโก้จากเดิมที่ออกแบบคล้ายดาวเดือนในธงชาติมาเลเซีย มาใช้เป็นหัวเสือแบบปัจจุบันแทน ในปี พ.ศ. 2536 โปรตอนก็ออกรุ่นใหม่ชื่อ โปรตอน วีรา (Proton Wira) โดยถอดแบบมาจากมิตซูบิชิ แลนเซอร์ และสามารถขายได้ถึง 220,000 คัน ระหว่างปี 2539 ถึง 2541 นอกจากนี้ รถรุ่นโปรตอน ซาเทรีย (Proton Satria) และโปรตอน ปุตรา (Proton Putra) ก็พัฒนามาจากมิตซูบิชิ แลนเซอร์ และมิตซูบิชิ มิราจเช่นกัน รุ่นต่อมาคือโปรตอน เพอร์ดานา (Proton Perdana) พัฒนาจากมิตซูบิชิ อีเทอร์นา เริ่มผลิตครั้งแรกในปี 2538 เพื่อขยายตลาดไปสู่ระดับสูงขึ้น ยกเว้นโปรตอน เทียร่า (Proton Tiara) ที่พัฒนามาจากซีตรอง AX (Citroen AX) ไม่ได้พัฒนามาจากรถรุ่นใดรุ่นหนึ่งของมิตซูบิชิ มอเตอร์สแต่อย่างใด

จนถึงปี พ.ศ. 2545 โปรตอนก็ครองส่วนแบ่งตลาดถึง 60% ในมาเลเซีย แต่ลดลงเหลือเพียง 30% ในปี 2548 และคาดการณ์กันว่าจะลดลงอีกในปี 2550 เมื่ออาฟต้า (AFTA) ได้ประกาศลดภาษีการนำเข้ารถยนต์เหลือเพียง 5% เท่านั้น ทำให้รถต่างประเทศสามารถขายได้ถูกลงในประเทศมาเลเซีย จึงมีตัวเลือกให้ประชาชนมากขึ้น

โปรตอน วาจา (Proton Waja) หรืออีกชื่อหนึ่งในอังกฤษคือโปรตอน อิมเปี้ยน (Proton Impian) คือโมเดลรุ่นแรกที่ออกแบบโดยโปรตอนเอง แต่งานวิศวกรรมยังคงใช้ร่วมกับมิตซูบิชิ มอเตอร์สเหมือนเดิม ส่วนด้านเครื่องยนต์จะใช้ร่วมกับเรโนลต์ เป็นเครื่องยนต์ 1.8 ลิตร และพอจะมียอดขายได้อยู่เรื่อยๆ

ในปี 2539 โปรตอนได้รับเทคโนโลยีของโลตัส (Lotus) มาจากบริษัท ACBN Holdings (บริษัทที่มีเจ้าของเดียวกับบูกัตตี Bugatti) โปรตอนก็เริ่มมีความชำนาญด้านวิศวกรรมยานยนต์มากขึ้น จนทำให้สามารถผลิตโปรตอน เจนทู (Proton Gen-2) ขึ้นมาได้ โดยก่อนจะออกสู่ตลาดใช้ชื่อรุ่นว่า Wira Replacement Model (WRM) หรือรุ่นที่จะมาแทนที่วีรา โปรตอน เจนทู เป็นรถรุ่นแรกที่ผลิตในโรงงานแห่งใหม่ของโปรตอนในเมืองตันหยงมาลิม รัฐเปรัก ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของโครงการพัฒนาโปรตอนซิตี้ โรงงานแห่งนี้เริ่มเปิดใช้งานในปีพ.ศ. 2547 วันที่ 8 มิถุนายน 2548 โปรตอนก็นำรถรุ่นใหม่ที่ผลิตในตันหยงมาลิมออกสู่ตลาด เป็นรถเล็กๆ ขนาด 1,200 ซีซี 5 ประตู ใช้ชื่อรุ่นว่าโปรตอน เซฟวี่ (Proton Savvy) ทั้งรุ่น Gen-2 และ Savvy คือรุ่นที่ MG Rover บริษัทรถจากประเทศอังกฤษสนใจที่จะนำไปพัฒนาต่อ เมื่อพวกเขาได้เข้ามาเจรจากับโปรตอน แต่แผนการก็ได้ล้มเหลวเสียก่อน

ในปี 2550 โปรตอนก็ออกรถยนต์ซีดานรุ่นใหม่ที่เป็นรุ่นแทนที่รุ่นวีรา คือเพอร์โซนา (Persona) และล่าสุดวันที่ 18 มกราคม 2551 รุ่นใหม่ล่าสุดก็ออกสู่ตลาด คือรุ่นโปรตอน ซากา (Proton Saga) โดยโปรตอนซากาพัฒนาต่อมาจากรุ่นเซฟวี่ แต่ใช้เครื่องยนต์แคมโปร (Campro) 1.3 ลิตร แทนเครื่องยนต์เรโนลต์ (Renault) ที่ใช้ในเซฟวี่

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2550 โปรตอนเซ็นสัญญากับบริษัทยังแมนออโตโมบิลจำกัด (Youngman Automobile Group Ltd. Co.,) โดยในระยะเริ่มต้นบริษัทยังแมนจะนำเข้ารถโปรตอนเข้าไปขายในประเทศจีนเดือนละ 1,500 คัน เป็นระยะเวลา 20 เดือน โดยใช้ชื่อยี่ห้อใหม่คือ "ยุโรปสตาร์" (EuropeStar) ซึ่งเป็นชื่อที่ทางยังแมนตั้งขึ้น และในอนาคตมีแผนจะร่วมมือกันพัฒนารถรุ่นใหม่เพื่อผลิตในจีน[2][3]